تواجه العملية الانتخابية العديد من التحديات التي تحول دون إنجاز عملية انتخابية حرة، ومن أبرز التحديات الممارسات والمعيقات التي تفرضها السلطات الإسرائيلية أمام الفلسطينيين. ومن أبرز هذه المعيقات:

إغلاق الطرق وإقامة الحواجز العسكرية
على الرغم من أن حرية التنقل هي حق أساسي كفلته المواثيق المتعلقة بحقوق الإنسان، إلا أن سلطات الاحتلال الإسرائيلي تقوم بفرض قيود شديدة على حرية الحركة في كل من الضفة الغربية وقطاع غزة، ما يحول دون حرية التنقل خارج حدود مناطق السكن، فالقدرة على التنقل بحرية ترتبط بعدة عوامل من بينها طبيعة الهوية التي يحملها كل فلسطيني وتقسيمة المناطق الجغرافية. 

جدار الفصل العنصري
أدى جدار الفصل العنصري الذي تقوم إسرائيل ببنائه في المناطق الفلسطينية إلى حدوث آثار اقتصادية واجتماعية مدمرة على حياة الفلسطينيين، وتعطيل حركة المواصلات بين العديد من المناطق الفلسطينية. وفي سياق العملية الانتخابية شكل الجدار عقبة رئيسية في بعض المناطق أمام إنجاز العملية الانتخابية بشكل حر وشفاف، خصوصاً أثناء تسجيل الناخبين وحملة التوعية والتثقيف وعملية الاقتراع.

إغلاقات للمراكز ومنع تجول
تعرضت مراكز تسجيل الناخبين في القدس للإغلاق من قبل السلطات الإسرائيلية، ومنعت طواقم لجنة الانتخابات المركزية من العمل داخل المدينة، واعتقلت موظفي المراكز فيها، وأغلق قسم آخر من المراكز بسبب منع التجول المفروض على بعض المناطق.